Tutto sembra tornato alla normalità, dopo il ritorno di Chibusa nel futuro, e le senshi ricominciano a preoccuparsi dei loro doveri scolastici. Ma purtroppo la pace dura poco, e i nuovi nemici iniziano il loro attacco proprio contro la povera Rei, che già aveva passato una brutta giornata. Rei infatti aveva sognato la distruzione del mondo e tutte le sue amiche trasformate in pietra.
I nuovi mostri si chiamano Daimon, e sono creati dal professor Sôichi Tomoe, scienziato celebre in tutto il mondo, e direttore e realizzatore del famoso "Mugen Gakuen" (liceo Mugen).
Lo scopo di Tomoe e dei suoi collaboratori (tra i quali spicca Kaolinite alias Kaori (Katya in Italia), la sua assistente che conduce sempre gli attacchi) è quello di ritrovare il Calice Leggendario, un potentissimo artefatto che può essere ritrovato solo riunendo i tre magici talismani, artefatti che si trovano all'interno dei cuori puri di tre persone particolari. Per trovare questi talismani, Tomoe sottrae grazie al Daimon il cuore di cristallo dai cuori puri delle persone: il cuore di cristallo è un artefatto che si trova al posto del talismano nei cuori delle persone pure ma non predestinate. Ma privati del cuore di cristallo, i possessori arriverebbero molto rapidamente alla morte!
Il primo scontro, si risolve in maniera tragica per le nostre eroine: le guerriere non fanno neppure in tempo a trasformarsi, che vengono sconfitte dalla Daimon. L'unica che riesce a traformarsi è Usagi, ma con scarsi risultati, visto che il suo potere di trasformazione viene completamente risucchiato dalla Daimon: il cristallo d'Argento perde ogni traccia di potere. Intanto Rei viene privata del suo cuore di cristallo, e rischia di morire. Per fortuna, grazie all'aiuto di due misteriose figure che restano nell'ombra, la situazione si risolve, e Rei riottiene il suo cristallo, risvegliandosi.
Ma purtroppo il problema resta: nuovi nemici hanno preso di nuovo di mira gli esseri umani, e quel che è peggio è che il Cristallo d'Argento ha perso ogni potere, e Usagi non può più trasformarsi in Sailor Moon!
La seconda battaglia mette nuovamente le senshi in grande difficoltà, e anche Tuxedo mask viene ferito gravemente. ma poi, all'improvviso, grazie all'unione dell'amore di Usagi e Mamoru, il Cristallo d'Argento di riempie nuovamente di potere. Visto che aveva ottenuto il potere dell'amore muta forma, e diviene un cristallo a forma di cuore (ma resta sempre il Cristallo d'Argento: invece nell'edizione italiana è stato detto che il Cristallo si era trasformato nel Cristallo del Cuore). Sailor Moon ottiene di nuovo il suo potere di trasformazione, e anche un nuovo scettro, e un nuovo colpo segreto.
Nella sala giochi dove si reca ogni giorno assieme a Minako, Usagi incontra un bellissimo giovane, che si presenta come Haruka Tenoh (Helles in Italia). Ovvio che Minako e Usagi se ne innamorano subito (Usagi, Usagi... pensa al tuo Mamoru...): ma quale la loro sorpresa, quando scoprono che Haruka è una ragazza, che ama vestirsi con abiti maschili e ha un carattere molto forte (ha anche tendenze omosessuali, dato il suo rapporto con un'altra nuova arrivata nella serie, Michiru Kaioh, in Italia Milena).
Nel frattempo, le senshi vengono a scoprire che le due guerriere che le hanno aiutate durante le prime due missioni, sono anch'esse due sailor: si presentano alle altre come Sailor Uranus e Sailor Neptune: queste due guerriere sembrano essere a conoscenza del segreto dei daimon, e di che cosa stiano cercando i nemici, e, ovviamente, sono in realtà proprio le due nuove arrivate, Haruka e Michiru! Le senshi spiegano che la missione appartiene a loro, e non vogliono che le altre Sailor si frappongano tra loro e il loro scopo: non hanno intenzione di collaborare con le altre!
Anzi, qualche volta le ostacolano pure: infatti il loro unico intento è trovare i talismani, e non si curano di quello che potrebbe succedere alle persone che li posseggano nel proprio cuore e che ne vengano privati. Il che, ovviamente, interessa alle nostre guerriere Sailor! Ma le due guerriere nuove, si preoccupano per tutto il genere umano, perché sanno che se i talismani cadessero nella mano del nemico, e quindi anche il calice leggendario venisse ritrovato da costoro, il modno verrebbe distrutto da una terribile catastrofe, in quanto verrebbe richiamato sulla Terra il terribile Faraoh 90 (Faraone 90 in Italia)!
Ovviamente tutto ciò non è saputo dalle nostre eroine, e loro si preoccupano della sorte delle persone che custodiscono i cristalli. I tentativi di Kaolinite si susseguono infruttuosi, finché la nostra non viene uccisa durante un comabattimento piuttosto cruento (cade dalla torre di Tôkyô). Tomoe a questo punto "assume" un gruppo di 5 ragazze chiamate "Le Withes Five" (in italiano è stato radotto letteralmente, Le 5 Streghe). Nello stesso momento, dal fuuro ritorna Chibiusa, che Serenity ha inviato nel passato per addestrarsi a combattere come guerriera Sailor: per il momento a Crystal Tôkyô non ci sono malvagi, ma nessuno sa se col passare del tempo, ne sarebbe arrivato qualcuno, ed era bene che Chibiusa imparasse a combattere per difendere tutti.
Chibiusa usa il potere del prisma di Luna, e si trasforma in "Sailor Chibimoon" (in Italia "Sailor Kibiusa"). I suoi poteri, per il momento, sono molto limitati, e in realtà, nei vari combattimenti, fa davvero delle pessime figure ^^;.
La prima delle Witches 5 a ottenere la missione, è Eudial (nome mantenuto originale in italiano, e letto quasi correttamente, "Iugìl" invece di "Iudìl"). Costei, inizialmente commette qualche errore: vengono colpite come vittime tutte le guerriere sailor. Tutte tranne Minako, che inizia a "dispiacersene" ^^; perché inizia a pensare di non avere un cuore puro. Invece con sua enorme "gioia" alla fine anche lei viene presa di mira da Eudial. Neppure nel suo cuore si trova il talismano, ma quest'episodio è molto importante. Infatti Minako, privata del cristallo, non sviene semplicemente come le altre, ma inizia a scappare barcollando, e si rinchiude in un garage. Usagi, Michiru e Haruka la seguono, e anche Eudial, ovviamente!
Per evitare di essere uccisa dalle armi di Eudial, Usagi è costretta a trasformarsi in Sailor Moon, davanti a Michiru e Haruka, e davanti a Eudial. Le ragazze si sorprendono che Usagi sia la guerriera, ma non hanno molto tempo per riflettere: se non si trasformassero anche loro, verebbero uccise, e quindi decidono di buttare la maschera, e di trasformarsi anche loro. Così anche Usagi viene a scoprire la loro vera identità, e ne rimane davvero sconvolta. Intanto arrivano le altre guerriere, distruggendo una barriera d'acciao che Eudial aveva frapposto tra la sua vittima e il mondo esterno a suon di colpi magici, e a Minako viene restituito il suo cristallo.
Alla fine, Eudial riesce a individuare chi possiede i primi due talismani: proprio Haruka e Michiru, che l'avevano tanto affannosamente cercati, senza sapere di essere proprio loro le predestinate! In realtà infatti le due non credevano di possedere un cuore puro.
L'episodio nel quale le due ragazze vengono attaccate da Eudial e vengono private entrambe dei loro cuori puri, diviso in due parti, è di sicuro uno dei migliori di tutta la serie S, molto coinvolgente emotivamente, grazie a una trama, una regia e un commento musicale davvero eccellenti.
È stato tanto amato in Giappone, da risultare il vincitore dell'Anime Grand Prix (concorso bandito dalla rivista giapponese Animage editada Tokuma) come miglior episodio del 1995, ottenendo ben 110 voti, e due pagine interamente dedicate su Animage.
Commovente è soprattutto la scena in cui le due ragazze "giocherellano" con le mani, scena che riesce a rappresentare in maniera perfetta i sentimenti che provano l'una per l'altra, senza bisogno di parole.
E molto bello è anche il punto in cui Michiru cerca di raggiungere Haruka che è stata catturata, e viene colpita a ripetizione dalle "armi" di Eudial (tantissimi angioletti che lanciano terribili proiettili). Ma non demorde, e continua ad avanzare. ma a ogni passo viene colpita nuovamente dai proiettili. Eudial prima gioca un po' con le due ragazze: fa credere loro prima che ha trovato il possessore dei cristalli, senza fargli capire che si tratta di loro due, poi nella scena che vi ho descritto sopra svela che Haruka possiede uno dei talismani. Poi colpisce Michiru, e la priva del suo talismano, uno specchio magico. Per fortuna in quel momento arriva Sailor Moon, assieme alle altre guerriere, e riescono a far fuggire momentaneamente Eudial. Haruka rivela a Sailor Moon di essere una di coloro che posseggono nel proprio cuore il talismano. Consegna a Sailor Moon il talismano di Michiru, dicendole di non farlo cadere nelle mani dei nemici. Usagi cerca di rimettere al suo posto (nel cuore di Michiru) il talismano, ma questo, secondo quanto dice Haruka, non tormerà più ad avere la forma del cristallo dopo aver rivelato a sua natura di talismano. È quindi inutile che Usagi provi a salvare Michiru: la cosa importante è che il talismano non cada in mano a Eudial.
Usagi cerca di fermare Haruka, ma questa utilizza l'arma di Eudial che serve per far uscire i cristalli dal cuore delle persone su se stessa, liberando il proprio talismano, e svenendo subito dopo.
Purtroppo Eudial riesce a rubare i due talismani e a fuggire. Sailor Moon la insegue, e alla fine compare un personaggio che tutti i fan della serie ben conoscono: Sailor Pluto. In questa serie, "Pu" ha preso l'identità segreta di una giovane di nome Setsuna Meioh (Sylvia in Italia). La ragazza si trasforma in Pluto davanti a tutti, e afferma di essere giunta lì per portare l'ultimo talismano. Si tratta della gemma che si trova sull'estremità del Garnet Rod (la chiave del Tempo) di Pluto. Eudial vorrebbe rubare anche il suo talismano, ma Pluto mette in moto il potere di unione dei talismani. All'improvviso i gioielli nelle mani di Eudial iniziano a risplendere, e scompaiono. Nello stesso momento, compaiono Uranus e Neptune, addormentate, e con il simbolo del loro pianeta visibile sulle loro fronti. Il simbolo diviene visibile anche sulla fronte di Pluto. I talismani si mettono davanti alle rispettive proprietarie, e prima di tutto fanno rientrare il cuore di cristallo all'interno del cuore puro delle guerriere (qui tutti tirano un respiro di sollievo, tranne Eudial, ovvio ^^;), poi sprigionano una fortissima luce, e si uniscono nel calice leggendario. Nel momento in cui esso si forma, si vede un flashback che mostra una stanza buia, nella quale una ragazza vestita di nero urla in preda a un terribile dolore. Le ragazze si svegliano: Haruka e Michiru si abbracciano felici che il talismano non dovesse costare la vita della persona che lo possedeva.
Eudial cerca di prendere il calice leggendario, e Sailor Moon parte in una corsa contro il tempo per impedirglielo. la più veloce delle due è Sailor Moon. Nel momento in cui la nostra tocca il calice, da esso fuoriesce una grandissima luce, che riempie Sailor Moon di potere. Sailor Moon ottiene una nuova trasformazione, e diviene Super Sailor Moon. Anche Chibimoon si trasforma in Super Chibimoon. Grazie al nuovo potere, Sailor Moon riesce facilmente a scacciare Eudial. Ma non appena la strega è fuggita (morirà poco dopo, perché un'altra delle Witches 5 le tende una trappola distruggendole i freni della macchina) Sailor Moon torna normale, e sente un'enorme stanchezza. Questo porta Uranus e Neptune a credere che lei non sia realmente l'essere designato a usare il Calice leggendario per slavare il mondo. Così decidono di mettersi alla sua ricerca. In questo compito le aiuterà anche Pluto. Le ragazze iniziano a chiamare se stesse "Outer Senshi" (guerriere del sistema solare esterno) per distinguersi dalle altre, che chiamano "Inner Senshi". Affermano che il loro potere è superiore rispetto a quello delle Inner: infatti i loro pianeti sono i più distanti dal sole, ed essendo i meno irrorati dalla luce della stella, sono anche quelli che hanno i poteri maggiori. Chiedono alle Inner di non ostacolarle. ma le ragazze decidono di non lasciarsi buttar via così facilmente!
Intanto Tomoe, che si è reso conto dell'apparizione del Calice leggendario e del fatto che sia caduto in mano a Sailor Moon, decide di cambiare piano: infatti i loro scopi possono essere ottenuti anche senza l'aiuto del calice: devono risvegliare la "Creatura del Silenzio" e per farlo hanno bisogno del potere di tantissimi cuori di cristallo.
Per questo motivo, lo scienziato modifica la struttura dei Daimon: ora le creature inglobano il cristallo, in modo che arrivi sano e salvo da loro.
Nel frattempo, Chibiusa ha conosciuto una ragazza di nome Hotaru Tomoe (ebbene si, l'unica figlia del professore :), in Italia chiamata Ottavia. La bambina riesce facilmente a fare amicizia con la solitaria ragazza: Hotaru ha un potere speciale: riesce facilmente a guaritre gli altri dalle ferite. Però a volte le capita di perdere la lucidità. In un momento simile, aveva fatto del male a un compagno di classe, e da quel giorno non aveva avuto più amici. Chibiusa era l'unica persona che avesse voluto avere un rapporto con lei da tanto tempo.
Hotaru è una ragazzina pallida, malaticcia, e veste sempre di nero. La sua cameretta è sempre buia, e illuminata da piccole luci che somigliano a delle lucciole: infatti il nome Hotaru in giapponese significa Lucciola, e anche l'aspetto della ragazza ricorda questo animaletto (il contrasto tra il pallore del viso e il nero dei vestiti).
Durante uno dei tanti attacchi dei daimon, Hotaru si difende da uno di essi scagliandogli contro un'enorme carica di energia. Questo tipo di energia viene facilmente riconosciuto dalle Outer Senshi, che sentono un brivido percorrergli tutta la schiena: infatti capiscono che in Hotaru si è reincarnata la terribile Sailor Saturn, la guerriera della Morte e della Rinascita, la guerriera della Distruzione. Le Outer ricordano che nel lontano periodo in cui esisteva Silver Millennium, ed era iniziata la guerra tra Metallia e Serenity, loro (le Outer) avevano raccolto assieme tutto il loro potere. Dalla loro preghiera era comparsa Sailor Saturn, che tramite la sua grande falce, aveva provocato la distruzione completa del regno di Silver Millennium.
Le Outer non vogliono che Sailor Saturn si risvegli, perché non vogliono che il mondo venga distrutto. Così meditano un piano per uccidere Hotaru.
Ma Chibiusa e le altre Senshi cercano di contrastarle: Chibiusa (e Usagi con lei) perché Hotaru è una sua amica, e non vuole che le venga fatto del male. Le altre perché non vogliono che un essere umano venga ucciso solo per un "presentimento".
Purtroppo, però, c'è dell'altro: in Hotaru (povera disgraziata ^^;;) si è anche reincarnata la potente "Creatura del Silenzio", la Mistress 9 (Despota 9 in Italia), colei che Tomoe voleva far risvegliare con i cuori di cristallo delle persone!
Infatti era successo che, quando Hotaru era molto piccola, il padre l'aveva portata nel suo laboratorio, per mostrarle il frutto dei suoi studi. Tomoe stava studiando un lontano universo, Tau Ceti, ritenendo che in esso vi potessero essere forma di vita.
All'improvviso, un terribile incendio era divampato nel laboratorio, e tutti i collaboratori di Tomoe avevano perso la vita. Il dottore aveva tentato in tutti i modi di salvare la figlioletta, ma anche lei sembrava morta nelle sue mani. A un certo punto, comparve un'entità, che era stata richiamata da Tau Ceti tramite gli studi del professore: la creatura propose a Tomoe di salvare la vita della figlioletta, se egli avesse accettato di farsi possedere da lui. L'uomo disperato accettò. E non solo il professore venne posseduto dall'entità aliena: anche nella figlioletta venne trasferito lo spirito della potente Mistress 9. Purtroppo il corpo di Hotaru non era in grado di sopportare un simile innesto. Così il padre, per renderla più forte e consentirle di sopravvivere, le aveva fatto dei trapianti con materiale cibernetico. Ma questo non aveva reso il corpo di Hotaru meno malato, aveva solo prolungato la sua agonia. Era per questo che la poverina non godeva di buona salute.
A casa di Tomoe, le Sailor ritrovano anche una vecchia conoscenza: Kaolinite (Katia), la donna che loro credevano di aver ucciso tempo prima. Kaolinite era stata salvata da Tomoe, che aveva deciso di renderla la sua segretaria e dispensarla dal compito di contrastare le Sailor (infatti usava l'identità fittizia di Kaori, e si prendeva cura di Hotaru). Ma Kaolinite medita vendetta. Per questo motivo fa un'accurata ricerca, e scopre che il cuore di cristallo più puro che esista al mondo, è contenuto nel cuore di Chibiusa! Di sicuro quel cuore di cristallo sarebbe stato in grado di rievegliare da solo la Mistress 9! Kaolinite riesce a rubare il cuore di cristallo di Chibiusa, e la piccola potrebbe morire se non fosse per Mamoru, che le si mette vicino, e le trasmette un flusso costante di energia, per mantenerla in vita.
Sailor Moon quindi questa volta non può contare sull'aiuto di Tuxedo Kamen.
Grazie al potentissimo cuore di cristallo di Chibiusa, la Mistress 9 si risveglia. Il palazzo del Mugen gakuen viene protetto da una barriera di daimon, e sembra inespunabile. i daimon oltretutto, diventano sempre più numerosi, e si allargano in tutta la città, portando via i cuori di cristallo a tutti.
Le Outer Senshi arrivano sul posto, e per consentire loro di entrare, Setsuna usa una tecnica proibita, il Dark Dome Clore, che le consente di fermare il tempo. Così Urans e Neptune riescono a entrare nel Mugen gakuen, ma Pluto scompare davanti ai loro occhi, e non se ne sa più nulla per tutta la 3^o serie, tranne in un punto in cui un ologramma di Pluto appare a Chibiusa, spiegandole che non è morta, ma che è stata solo bandita dalla Terra per sempre per aver usato quella tecnica. Le outer riescono ad arrivare davanti a Tomoe, e sconfiggono la creatura che alberga in lui usando i talismani. Poi corrono dalla Mistress 9 perché vorrebbero distruggere anch'essa.
Intanto le Inner Senshi stanno cercando di penetrare nell'istituto, ma non ci riescono. Decidono di usare il teletrasporto, ma prima che possano riuscirci, il nemico rapisce Sailor Moon, e ogni tentativo da parte delle altre ragazze risulta inutile.
Di fronte alla Mistress 9, Sailor Moon vorrebbe usare il potere del calice leggendario per distruggerla e riportare in vita Hotaru. Urans e Neptune vengono mostrate a Usagi, legate e ferite, e le viene detto che se avesse consegnato il calice sarebbero state liberate. ma le due ragazze, pur soffrendo tantissimo, riescono a convincere Usagi a non farlo.
Allora Mistress 9 passa a un'altra tattica: parla a Sailor Moon con la voce di Hotaru, e le dice che se avesse dato a lei il calice, sarebbe riuscita a salvarla. Usagi le crede, e le dona il calice. ma purtroppo quello era solo un inganno. Tramite il calice, la trasformazione di Mistress 9 si compie del tutto, e la donna invoca il terribile Pharaoh 90, il terribile mostro che sarebbe giunto da Tau Ceti per distruggere la Terra e renderla il Regno del Silenzio. Ma a questo punto, la personalità di Sailor Saturn si risveglia, e riesce a distruggere Mistress 9. Pharaoh 90 arriva, e si incastona all'inerno della superficie terrestre, iniziando la sua opera di devastazione. Sailor Saturn va prima da Chibiusa, alla wuale restituisce il suo cuore di cristallo, e la saluta tristemente. Infatti Saturn sta per utilizzare il proprio potere per distruggere Pharaoh 90, e sa benissimo che nel momento in cui lo userà, verrà distrutta. Vuole quindi salutare Chibiusa, e le dice di essere stata felice di essere una sua amica. Poi arriva con la sua falce di morte, e dice a Sailro Moon che ci avrebbe pensato lei a distruggere quel mostro, a costo della sua vita. Sailro Moon vorrebbe aiutarla, ma lei la blocca e inizia la sua missione.Ma Sailor Moon non demorde: lei non vuole che Hotaru debba morire. Inizia a urlare "Crisis make up", che era la parola magica che la trasformava in Super Sailor Moon. Ma non possiede più il calice leggendario, e non può più accedere al suo potere.
Testarda la ragazza continua a urlare la formula magica, raccogliendo tutta la sua forza di volontà. Ed è allora che avviene il miracolo: i poteri di tutte le guerriere Sailor vengono raccolti da Sailor Moon, che si trasforma in Super senza bisogno dell'aiuto del Calice. Super Sailor Moon utilizza il cristallo d'Argento, e si tuffa all'interno di Pharaoh 90, dove si trovava Hotaru, per tirarla fuori. Momento di grandissima tensione e sottolineato da un meraviglioso commento musicale. Le Outer Senshi attendono, uniche spettatrici, il ritorno di Sailor Moon.... o la distruzione del Mondo. E alla fine, in uno scintillio, appare la guerriera, con uno sguardo assente, come se non fose cosciente. In braccio ha una bambina: Hotaru, che era riuscita a far rinascere, utilizzando tutte le sue energie e in potere del cristallo d'Argento. Sailor Moon sviene, e Haruka e Michiru prendono la bimba e la portano via. Le Inner così non sanno che cosa sia stato di Hotaru, e Usagi pensa che, anche con tutta la sua fatica, la ragazza sia morta.
Ma in realtà le Outer hanno riportato la bambina dal padre, che è sopravvissuto alla morte dell'alieno che l'aveva posseduto, ma aveva perso la memoria di quello che gli era successo.
Poi le ragazze vanno da Sailor Moon, e la sfidano a una prova di forza, perché vogliono rendersi conto se Usagi sia degna di essere Serenity, la futura regina di Cristal Tôkyô. Usagi riesce a batterle senza usare neppure un'arma, e alla fine le due si inchinano alla loro principessa. Spiegano che Hotaru è viva, e dicono a Usagi che lei è il Messiah che loro stavano cercando. Le Outer hanno terminato la loro missione, e se ne vanno: chissà se un giorno incroceranno di nuovo le strade delle nostre eroine?